Nie wolno chlapać wodą, włosy nie powinny dotykać wody. Kąpiel jest traktowana jako wyjątkowe doświadczenie, nie wolno robić zdjęć i używać telefonów komórkowych. Wiele hoteli i ryokanów oferuje kąpiele wewnątrz budynków, ale korzystanie z gorących źródeł usytuowanych na zewnątrz jest znacznie ciekawszym przeżyciem i relaksem, szczególnie w zimie, gdy pada śnieg. W większości onsenów istnieje podział ze względu na płeć, ale istnieją kąpiele mieszane. Większość zezwala na ręczniki lub stroje kąpielowe dla zachowania skromności, ale w przypadku naprawdę starych kąpielisk wchodzi się na „własne ryzyko”. Jeśli własna nagość wśród nieznajomych jest zbyt trudną, krępującą przeszkodą, w wielu hotelach istnieje możliwość rezerwacji prywatnej kąpieli (zazwyczaj w pomieszczeniach). Dla własnego bezpieczeństwa nie należy moczyć się zbyt długo. Powinno się pić dużo wody przed i po, unikać alkoholu. Nie zaleca się także jedzenia tuż przed kąpielą lub po niej. Onsen jest miejscem relaksu, więc gdy chcesz porozmawiać ze swoimi towarzyszami, nie należy być głośnym i przykrym.