Na czele formacji stanęła Główna Komenda Straży Granicznej. Granicę wschodnią podzielono na odcinki wojewódzkie. Utworzono komendy wojewódzkie Straży Granicznej w Wilnie, Nowogródku, Białymstoku, Brześciu, Łucku i Tarnopolu. Utworzono też podległe komendom wojewódzkim komendy powiatowe Straży Granicznej w Sopoćkiniach, Nieświeżu, Wilnie, Święcianach, Głębokiem, Wilejce, Stołpcach, Łunińcu, Sarnach, Korcu, Krzemieńcu i Tarnopolu. Zakres działań komendy powiatowej nie zawsze pokrywał się z granicami powiatów nadgranicznych. Każdej komendzie powiatowej przydzielono po trzy bataliony piechoty z wyjątkiem komendy w Tarnopolu i w Sarnach. Nowa formacja liczyła 36 batalionów piechoty o łącznym stanie 22 tys. żołnierzy. Planowano utworzenie dodatkowych oddziałów konnych stanowiących obwody. W przypadku obsady granicy jednego z batalionów na terenie innego powiatu niż siedziba komendanta powiatowego, dowódca batalionu odkomenderowywał oficera łącznikowego do danego starosty.