W jej miejsce, w celu koordynacji działań sześciu pozostawionych batalionów, utworzono Komendę Batalionów Straży Granicznej podległą Departamentowi III Ministerstwa Spraw Wojskowych. Komendantem mianowany został mjr Antoni Gedke.. Komenda Baonów SG przejęła biuro dotychczasowej Komendy Głównej SG przy ul. Przeskok 2.
Straż Graniczną ostatecznie zlikwidowano rozkazem ministra spraw wewnętrznych L. 4625/pf/org z 3 października 1923. Nakazywał on rozformowanie sześciu batalionów na Wileńszczyźnie, Komendy Batalionów SG w Warszawie i Szkoły Podoficerskiej SG w Łomży. Bataliony miały rozpocząć przekazywanie odcinków granicznych Policji Państwowej z dniem 15 października, a zakończyć do 24.00 22 października. Na podstawie rozkazu ministra spraw wewnętrznych L. 28138 z 28 listopada 1928 Komenda Baonów Straży Granicznej przestała istnieć z dniem 3 grudnia 1923. Jednocześnie została utworzona Likwidatura do spraw b. Straży Granicznej, która mieściła się w Głównej Komendzie Policji Państwowej w Warszawie, ul. Nowy Świat 67..