Dla potrzeb berlińskiego ogrodu botanicznego opracował taksonomię roślin, którą w 1864 roku opublikował Paul Ascherson (1834–1913). Taksonomię Brauna rozwinął jego uczeń, August Wilhelm Eichler (1839–1887). Stała się podstawą dla dalszej pracy w zakresie systematyki dla Adolfa Englera (1844–1930) i Fritza von Wettsteina (1895–1945).
Publikacje 1830 – Vergleichende Untersuchung übder die Ordnung der Schuppen an der Tannenzäpfchen 1835 – Dr. K. Schimpers Vorträge über der Möglichkeit eines wissenschaftlichen Verständnisses der Blattstellung 1835 – Blütenstände 1849/50 – Betrachtungen über die Erscheinung der Verjüngung in der Natur, insbesondere in der Lebens- und Bildungsgeschichte der Rflanze 1852 – Das Individuum der Pflanze in seinem Verhältniss zur Species. Generationsfolge, Generationswechsel und Generationstheilung der Pflanze 1855 – Algarum unicellularium genera nova et minus cognita, praemissis observationibus de algis unicellularibus in genere 1856 – Parthenogenese von Coelebogyne 1864 – Flora der Provinz Brandenburg