W lipcu 2014 reprezentował klub w All-Star Futures Game, w którym zdobył dwupunktowego home runa, wyprowadzając zespół World na prowadzenie 2–1.
Major League Baseball 5 sierpnia 2014 został powołany do 40-osobowego składu Chicago Cubs i tego samego dnia zadebiutował w Major League Baseball w meczu przeciwko Colorado Rockies, w którym zdobył zwycięskiego home runa w pierwszej połowie dwunastej zmiany. Dwa dni później w spotkaniu z Rockies, został pierwszym zawodnikiem od 1954 roku, który zdobył trzy home runy w swoich trzech pierwszych występach w MLB.
28 czerwca 2016 w meczu z Cincinnati Reds zdobył pierwszego grand slama w MLB w pierwszej połowie piętnastej zmiany ustalając rezultat spotkania na 7–2. 7 października 2016 w pierwszym meczu NLDS przeciwko San Francisco Giants zdobył home runa przy wyniku 0–0 w ósmym innignu po narzucie Johnny’ego Cueto. Był to jedyny run w spotkaniu i Cubs objęli prowadzenie w serii best-of-five. W meczu numer 4 w pierwszej połowie dziewiątej zmiany Báez zaliczył RBI single, dzięki któremu Cubs wyszli na prowadzenie 6–5 i ostatecznie zwyciężyli.