30 maja 2005 roku został mianowany dyrektorem generalnym wspólnego rosyjsko-kazachskiego przedsiębiorstwa Bajterek (kosmicznego kompleksu rakietowego na bazie rakiet nośnych Angara). 13 lutego 2007 roku Musabajew objął funkcję przewodniczącego komitetu lotniczo-kosmicznego Ministerstwa Wykształcenia i Nauki Kazachstanu. 27 marca 2007 roku stanął na czele nowo utworzonej Narodowej Agencji Kosmicznej Republiki Kazachstanu (Kazkosmos), którą kierował do 2014 roku. W czerwcu 2007 roku dołączył do partii politycznej Nur Otan, a następnie został przewodniczącym podkomisji do spraw kompleksu Bajkonur, wchodzącej w skład międzyrządowej komisji do spraw współpracy między Federacją Rosyjską a Republiką Kazachstanu. W okresie od stycznia 2016 do grudnia 2017 roku był doradcą prezydenta Kazachstanu Nursułtana Nazarbajewa, a w międzyczasie, w lipcu 2017 roku na mocy ukazu prezydenta został deputowanym kazachskiego Senatu. Pełnił tę funkcję do stycznia 2023 roku, kiedy to znalazł się w gronie trzynastu deputowanych, których prezydent Kasym-Żomart Tokajew pozbawił mandatu.
Życie prywatne Był żonaty i miał dwójkę dzieci.
Zmarł 4 sierpnia 2025 roku w wieku 74 lat. 6 sierpnia tego roku w w Ałmaty odbyły się uroczystości pogrzebowe kosmonauty.