Podstawowym źródłem tego pierwiastka jest molibdenit (), w mniejszym stopniu wulfenit () i powellit ().
Molibden jest mikroelementem, odgrywa ważną rolę w metabolizmie roślin; również w enzymach.
Światowe wydobycie thumb|Wydobycie molibdenu na świecie w 2005 roku W światowym wydobyciu rud molibdenu w przeliczeniu na czysty składnik, wynoszącym w 2002 roku ok. 135 tys. ton przodowały: Chiny (39 tys. ton), USA (32 tys. ton) i Chile (30 tys. ton). Pozostałe kraje w których wydobywa się molibden to: Kanada, Meksyk, Peru, Rosja, Iran, Mongolia, Namibia, Demokratyczna Republika Konga, Maroko, Algieria, Australia, Austria, Słowenia, Rumunia, Niemcy, Turcja, Norwegia.
Występowanie w organizmie Molibden wchodzi w skład niektórych metaloflawoprotein – oksydazy ksantynowej uczestniczącej w metabolizmie puryn oraz (obok żelaza) dehydrogenazy aldehydowej, katalizującej m.in. utlenianie aldehydu octowego do kwasu octowego.
Historia Ζwiązki molibdenu do końca XVIII wieku były mylone ze związkami innych pierwiastków, przede wszystkim węgla i