Kariera reprezentacyjna Shaun Johnson po raz pierwszy w reprezentacji kraju w rugby league wystąpił w 2010 roku w kategorii U-20. W barwach „Kiwis”, seniorskiej kadry, zadebiutował w 2012 roku meczu z Australią w ramach tzw. Anzac Test. W 2013 znalazł się w składzie na Puchar Świata, gdzie Nowozelandczycy dopiero w finale ulegli australijskim „Kangaroos”. Sam Johnson zdobywając 76 punktów, został najskuteczniejszym graczem turnieju. W międzyczasie został najlepszym zawodnikiem meczu z Francją, kiedy to zdobył 24 punkty; zdobył także zwycięskie przyłożenie w półfinałowym pojedynku z gospodarzami turnieju, Anglią.
Rok później Shaun był jednym z zawodników, którzy poprowadzili „Kiwis” do drugiego w historii zwycięstwa w Pucharze Czterech Narodów. Wysoka dyspozycja przyniosła Johnsonowi tytuł najlepszego gracza meczu finałowego przeciw Australii (podobnie jak podczas meczu fazy zasadniczej pomiędzy tymi dwiema drużynami). Został także laureatem nagrody Golden Boot (Złoty But) przyznawanej najlepszemu zawodnikowi na świecie przez prestiżowy magazyn Rugby League World.