Le Gentil, który latami czekał na ten tranzyt, na kilka tygodni popadł w depresję, w dodatku zachorował na dyzenterię, co opóźniło jego powrót do Francji. Nadal chory w marcu 1770 roku zaokrętował na statek powrotny, jednak musiał wysiąść na Île de France, by się wyleczyć. Po powrocie do zdrowia nie mógł znaleźć statku, który zawiózłby go do domu, a gdy to się udało i wyruszył w rejs, jednostka uległa poważnemu uszkodzeniu w czasie sztormu i trzeba było zawrócić na Île de France. Ostatecznie Le Gentil opuścił wyspę 31 marca 1771 roku na hiszpańskiej fregacie, 1 sierpnia wysiadł w Kadyksie w Hiszpanii, a resztę trasy pokonał drogą lądową.
Do domu dotarł 8 października tego samego roku (11,5 roku od rozpoczęcia podróży). Jak się okazało, został wcześniej uznany za zmarłego, utracił miejsce w Akademii, jego żona powtórnie wyszła za mąż, zaś o majątek toczyli spory jego krewni. W dodatku stracił pieniądze, które powierzył pełnomocnikowi opiekującemu się majątkiem, i mimo sporu w sądzie nie udało się ich odzyskać. W lutym 1772 roku dzięki interwencji króla przywrócono mu stanowisko w Akademii.