Konsekwencje najazdu Ponieważ jedynie kilkoro chrześcijan pozostało na Gozo, Zakon zachęcał rodziny z Malty do zaludniania wyspy. Lecz minęło około 150 lat, zanim populacja na Gozo wróciła do poziomu sprzed 1551 roku. Jedynie kilku mieszkańców Gozo zdołało wykupić się z niewoli, jak notariusz Lorenzo de Apapis, który powrócił na Gozo w 1554 roku.
W następstwie ataku Zakon powołał komisję, złożoną z inżynierów Leone Strozziego oraz Pietro Pardo, aby sprawdzili fortyfikacje wysp maltańskich i przedstawili sugestie ich ulepszenia. Wielki Mistrz Juan de Homedes podniósł podatki i wzmocnił straże nadbrzeżne (zwane Dejma). Bazując na zaleceniach komisji Strozziego i Pardo, w celu lepszej ochrony Grand Harbour zbudowano Fort Saint Michael oraz Fort Saint Elmo. Bastiony w Birgu i Mdinie zostały wzmocnione, oraz zbudowano fortyfikacje Senglei.
Niepowodzenie zdobycia wysp maltańskich w 1551 roku było jednym z powodów powtórnej inwazji tureckiej w 1565 roku. Dwa następne bezskuteczne ataki na Gozo miały miejsce w latach 1613 i 1709.
Podczas inwazji na Gozo Turcy bezpowrotnie zniszczyli archiwa Università (lokalnej rady mieszkańców).