Do zarejestrowania instytucji Diakonia Śląska/Slezská diakonie doszło 27 listopada 1990 roku, jako stowarzyszenia chrześcijańskiego, prowadzącego działalność w ramach Śląskiego Kościoła Ewangelickiego Augsburskiego Wyznania. Jego głównym zadaniem stała się organizacja pomocy nad osobami starszymi, niepełnosprawnymi, samotnymi, czy bezdomnymi. Czyniono starania o odzyskanie upaństwowionych w 1960 roku zakładów opiekuńczych w Ligotce Kameralnej, przy jednoczesnym zakładaniu nowych ośrodków.
Od 1 stycznia 1992 roku Diakonia prowadzi dom opieki dla osób starszych „Betania” w Ligotce Kameralnej, którego budowa została ukończona z pomocą wolontariuszy. Również w tym samym roku działalność rozpoczął Dom Schronienia Chrześcijańskiej Pomocy „Bethel” dla mężczyzn w Karwinie, a także ośrodek dla uchodźców „Hebron” w Cierlicku, zamknięty jednak w 1993 roku, na skutek zmiany polityki w stosunku do uchodźców przez Ministerstwo Spraw Wewnętrznych Czech.
Na początku stycznia 1994 roku uruchomiono ośrodek opieki dziennej dla osób z upośledzeniem umysłowym „Eden” w tymczasowej siedzibie w Dolnym Żukowie, przeniesionej następnie do Czeskiego Cieszyna.