W 2002 roku przeprowadzono kontrole Ministerstwa Pracy i Spraw Socjalnych w ośrodkach prowadzonych przez Diakonię. Działała wtedy też szkoła edukacji specjalnej w Czeskim Cieszynie, a w kolejnym roku centrum dla chorych umysłowo i pracy chronionej „Jordán” w Trzyńcu. W 2004 roku działało sześć noclegowni i domów azylowych, w 2005 roku uruchomiono zakład opieki zastępczej „Noemi” w Hawierzowie, a w latach 2006–2009 działalność pełnił ośrodek opieki „Archa” w Pradze. W 2008 roku otwarto Dom Samotnej Matki w Orłowej.
Działalność Diakonia Śląska kieruje swoją działalność do: osób niepełnosprawnych ruchowo i upośledzonych umysłowo; seniorów; dzieci i rodzin w trudnym położeniu życiowym; bezdomnych; chorych umysłowo; rodzin zastępczych.
Prowadzi także szkolenia dla osób zajmujących się pracą w zakresie edukacji specjalnej.