Po kilku dniach pobytu w częstochowskim areszcie śledczym, przewieziono go do aresztu w Kielcach, a następnie do Siedlec i Warszawy. Generał zakonu o. Alojzy Wrzalik OSPPE złożył w Ministerstwie Sprawiedliwości protest przeciw jego aresztowaniu. Interweniował również sekretarz Episkopatu bp Zygmunt Choromański. Ostatecznie po dwóch latach śledztwa Sąd Wojewódzki w Warszawie w tajnym procesie 30 marca 1952 skazał go na trzy lata więzienia z zaliczeniem aresztu. Przebywał w celi piwnicznej nr 11 przy ul. Koszykowej, gdzie współwięźniem był m.in. Władysław Bartoszewski, który kilka lat później tak go wspominał:
Po ogłoszeniu wyroku ojcowie paulini wnieśli apelację, w wyniku której 5 września 1952 został uniewinniony, a 9 września zwolniony z aresztu. Schorowany, zamieszkał później w domu nowicjatu w Leśniowie k. Częstochowy, a następnie w maleńkiej willi na Bachledówce koło Zakopanego, gdzie 30 czerwca 1955 został pierwszym duszpasterzem paulińskiej parafii Matki Bożej Częstochowskiej.