Kapituła jednak, nie zgadzała się z tym pomysłem i zwlekała z odpowiedzią na propozycję prymasa. Ten umarł w 1638 r.
1638-1654 – Począwszy od roku 1638 do pierwszej połowy XVII w. obserwowany był okres szczytowego rozwoju gnieźnieńskiego seminarium. Do końca nie wyjaśnione pozostają motywy arcybiskupa Łubieńskiego, który w 1644 r. przedstawił kolejną propozycję przeniesienia seminarium. Kapituła ponownie stanowczo sprzeciwiła się temu pomysłowi.
1655-1670 – Lata świetności seminarium przerwała w roku 1655 inwazja szwedzka. Doprowadziła ona do niemal całkowitego zniszczenia majątków seminaryjnych, na skutek zarówno samego przemarszu, jak i grabieży dokonanych przez wojsko. W 1661 kapituła stwierdziła, iż dochody wystarczają na utrzymanie zaledwie trzech kleryków. Wówczas (rok 1667) arcybiskup Mikołaj Jan Prażmowski wysunął projekt przeniesienia domu formacji do Kalisza, gdzie według niego kwitły studia. Idąc na bardzo szerokie ustępstwa, próbował za wszelką cenę przeforsować swoją propozycję. Nie chciał zlikwidować gnieźnieńskiego seminarium, ale wykorzystać Gniezno jako miejsce praktyki duszpasterskiej w katedrze, po odbyciu trzyletnich kaliskich studiów filozoficznych.