Stał się przez to głównym orędownikiem reformy gregoriańskiej w Rzeszy Niemieckiej, zwalczając korupcję i dążąc do uniezależnienia Kościoła od władzy świeckiej; stał także po stronie papieskiej w sporze o inwestyturę. W święto Wielkanocy 1077 r. gościem Wilhelma w Hirsau był antykról Niemiec Rudolf z Rheinfelden. Wilhelm jednocześnie surowo krytykował tych biskupów niemieckich, którzy stanęli po stronie papieża wyłącznie dla korzyści politycznych i ekonomicznych.
W 1079 r. w klasztorze Hirsau przyjął reguły reformy kluniackiej. Było to pierwsze niemieckie zgromadzenie, które nawiązało bezpośrednie kontakty z opactwem w Cluny – jeden z przeorów kluniackich był w Hirsau (przyjaciel Wilhelma z młodości, Ulryk z Zell), mnisi hirsaugijscy wyjeżdżali do Cluny. Wkrótce, w swoich Constitutiones Hirsaugienses opisał jeszcze surowszą dyscyplinę klasztorną. W 1077 r. ustanowił tzw. fratres exteriores (dosłownie: braci zewnętrznych, także fratres laici – braci świeckich, konwersów), którzy składali mniej restrykcyjne śluby i pełnili mniejszą rolę w liturgii, jednak wykonywali większość prac (w ten sposób zmienił status dawnej służby klasztornej) – szybko zmiana ta rozpowszechniła się w innych klasztorach benedyktyńskich.