Opublikował 215 prac za zakresu technologii tłuszczów, w tym pięć książek. Wypromował 13 doktorów. Był autorem lub współautorem wdrożeń, m.in. w jego zespole skonstruowano pierwszy w Polsce chromatograf gazowy o wysokiej czułości.
Pełnił funkcję przewodniczącego lub wiceprzewodniczącego Rady Naukowej Instytutu Przemysłu Tłuszczowego (1954–1975), Instytutu Przemysłu Tłuszczowego i Mięsnego (1975–1984), Rady Naukowej przy Ministerstwie Przemysłu Spożywczego i Skupu (1957–1981).
Stworzył szkołę naukową chemii i technologii tłuszczów, będąc pionierem na skalę europejską badania: oleju rzepakowego i zastosowania w procesie technologicznym, steroli, prac nad biosyntezą tłuszczów. Był członkiem wielu organizacji naukowych w kraju i zagranicą m.in. przewodniczącym: Komitetu Technologii i Chemii Żywności PAN, International Society for Fat Research (prezes – 1960–1961), American Oil Chemist´s Society (korespondent na Polskę – 1970–1975), Gdańskiego Towarzystwa Naukowego. Otrzymał honorowe członkostwo Komitetu Technologii i Chemii Żywności PAN (1976). thumb|240px|Grób prof. Henryka Niewiadomskiego na cmentarzu katolickim w Sopocie Henryk Niewiadomski został pochowany na cmentarzu katolickim w Sopocie (kw. B4-J-1)śp.