Z kolei rojalistyczne sympatie członków kolegium zostały ukarane przez stronników Parlamentu podczas angielskiej wojny domowej pozbawieniem urzędu i aresztowaniem w roku 1644 rektora, wydaleniem 29 wykładowców i przekształceniem Pierwszego Dziedzińca kolegium w więzienie dla „szczególnie złośliwych” członków władz Uniwersytetu. W trakcie wojennego zamieszania Kolegium została kilkukrotnie złupione – straciło między innymi cenną kolekcję srebrnych monet i medali.
Pomimo tych wydarzeń poziom nauczania w kolegium był nadal wysoki, a jego popularność wzrosła – przez niemal cały wiek XVIII liczba studentów w była największa spośród wszystkich kolegiów UniwersytetuPod koniec XVIII wieku Kolegium zostało pod tym względem wyprzedzone przez .. Cechą charakterystyczną było w tamtym czasie przyjmowanie stosunkowo dużej liczby najuboższych studentów, choć stopniowo ich odsetek malał: od około ½ w latach 1630–1639 do około 1/5 w latach 1792–1802.