Wszystkie uroplakiny są białkami transbłonowymi, jednak uroplakiny Ia i Ib są tetraspaninami tj. zawierają 4 domeny transbłonowe, a uroplakiny II i III (wszystkie formy) przechodzą przez błonę jednokrotnie, a ich C-koniec znajduje się po stronie cytoplazmy komórki.
Masa molowa uroplakiny Ia wynosi 27 kDa, a jej punkt izoelektryczny wynosi ok. 5,8. Bezpośrednio po syntezie jej masa wynosi ok. 32 kDa, jednak wraz z dalszymi procesami biogenezy traci część aminokwasów, dochodząc do formy dojrzałej. Odłączony fragment to wczesna uroplakina II, o masie cząsteczkowej 15 kDa, oraz punkcie izoelektrycznym w okolicach pH=8. Wszystkie uroplakiny poza dojrzałą uroplakiną II są glikoproteinami.
+Tab. 1 Porównanie mas cząsteczkowych uroplakinNazwa uroplakinyMasa cząsteczkowa białka (kDa)UPK Ia27UPK Ib28UPK II15UPK IIIa47UPK IIIb35UPK IIIc70
Białka te są niezwykle odporne na czynniki chemiczne (denaturację), z wyjątkiem uroplakiny III, której "ogon" wystający w stronę cytoplazmy komórki urotelium jest podatny na proteolizę.