Po przybyciu Rycerzy Joannitów na Maltę powołano kapitana, którego zadaniem było zorganizowanie obrony terenu Bir Miftuħ. W roku 1565, podczas Wielkiego Oblężenia, kaplica została zbezczeszczona przez najeżdżających Maltę Turków osmańskich. Legenda mówi, że mieszkańcy zakopali precjoza kościelne oraz dzwony, aby uchronić je przed Turkami. Do dziś czekają na odkrycie.
W roku 1575 kaplicę wizytował delegat apostolski Monsignor Pietro Dusina i ocenił ją jako dobrze wyposażoną do sprawowania posługi kościelnej. W roku 1655 mieszkańcy wsi Gudja zdecydowali o wybudowaniu kościoła w centrum miejscowości. Kiedy w roku 1676 budowa została ukończona przeniesiono tam wyposażenie kaplicy.
Odnowienie W roku 1830 baronessa Bettina Muscat Cassia D’Aurel odnowiła kaplicę. 9 kwietnia 1942 roku, podczas II wojny światowej, dach budynku zawalił się w wyniku ataku lotniczego. Kaplica raz jeszcze została naprawiona i odnowiona sumptem proboszcza w Gudja. Niestety kaplica stała opuszczona do roku 1970, kiedy przekazana została pod zarząd firmy powierniczej Din l-Art Ħelwa. W roku 1973 firma, dzięki funduszom zapewnionym przez Malta International Airport, rozpoczęła gruntowne odnawianie kaplicy. W jej trakcie ponad drzwiami kaplicy odsłonięte zostały freski. Zainstalowany został nowy sufit.