Najprawdopodobniej właśnie tam znalazły ostoję podczas ostatniego zlodowacenia i stamtąd migrowały na północ. Na tereny obecnej Polski dotarły około 50 tys. lat temu poprzez Bramę Morawską oraz przez Przełęcz Dukielską i dały początek populacjom zasiedlającym Wyżynę Krakowsko-Częstochowską, Małopolskę i Górny Śląsk. W przeszłości potomkowie tej linii zasiedlali prawdopodobnie tereny Dolnego Śląska i Podkarpacie po Kotlinę Sandomierską.
Populacje zasiedlające południową część Polski oraz Węgry, Czechy, Słowację, Austrię, Serbię, Chorwację, północno-zachodnią Rumunię należą do jednej linii filogenetycznej, oznaczanej Pannonia. Chomiki z populacji niemieckich, zachodnioeuropejskich oraz dolnośląskiej zaliczane są do odrębnej linii – określanej jako Północna lub Centralna. Zdaniem J. Ziomek i A. Banaszek ich przodkowie najprawdopodobniej migrowali na zachód drogą na północ od Karpat. Na terenie Wyżyny Lubelskiej i Roztocza stwierdzono natomiast populacje, których haplotypy mtDNA różnią się od haplotypów chomików z linii Północnej. Nowo odkryta linia filogenetyczna chomików europejskich jest w literaturze roboczo oznaczana jako PI bądź E1. Być może należy do szerszej linii, której populacje zasiedlają tereny Ukrainy i Białorusi, ale na tamtych terenach nie wykonano dotychczas badań genetycznych C. cricetus.