Od 18 sierpnia 1945 ponownie w Najwyższym Sądzie Wojskowym, jako sędzia tego sądu.
4 września 1945 otrzymał awans na stopień kapitana (z pominięciem stopnia porucznika), 29 grudnia 1945 - na stopień majora; 19 sierpnia 1946 na stopień podpułkownika i 22 lipca 1948 - na stopień pułkownika.
Już od jesieni 1944 wyznaczano go wielokrotnie na przewodniczącego składów orzekających w procesach politycznych dużego ciężaru gatunkowego. 5 grudnia 1944 trzyosobowy skład Wojskowego Sądu Garnizonowego w Lublinie pod przewodnictwem Bartonia orzekł karę śmierci wobec por. dr. Aleksandra Kielasińskiego, „Saby”, Naczelnego Lekarza Inspektoratu Lublin Armii KrajowejTego samego dnia, ale wcześniej, odbyło się niejawne posiedzenie tego sądu, na którym rozpatrywano tylko, czy sporządzony przeciwko por. dr. Kielasińskiemu akt oskarżenia jest prawidłowy. Jak wynika z akt sprawy, „referent sprawy, ppor. M. Bartoń wnosi o zatwierdzenie aktu oskarżenia”, pomimo że oskarżony, w śledztwie przesłuchiwany po rosyjsku „nie był pytany przy śledztwie przez władze sowieckie, czy znał język rosyjski” (w rzeczywistości języka tego nie znał). Jak pamięta protokołujący ten proces Aleksander Honory, Bartoń już podczas jazdy samochodem na rozprawę na Zamek w Lublinie mówił do pozostałych sędziów: „mamy sprawę, gdzie oskarżonemu muszę dać «KS»”, czyli karę śmierci.