Jako porucznik dowodził plutonami w składzie 3. Dywizji Piechoty Morskiej, a jako kapitan był dowódcą kompanii w 1. Brygadzie Piechoty Morskiej. Po awansie do stopnia majora dowodził posterunkiem werbunkowym w mieście Portland. thumb|left|Mattis (pierwszy z prawej) jako generał brygady podczas spotkania z premierem Albanii Ilirem Metą, 24 sierpnia 2000 r. W czasie operacji „Pustynna Burza”, jako podpułkownik (lieutenant colonel), dowodził 1. batalionem 7. Pułku Piechoty Morskiej. Batalion, znajdujący się na szpicy Task Force Ripper, wkroczył na terytorium okupowanego Kuwejtu i uczestniczył w wyzwoleniu jego stolicy. Następnie, po awansie do stopnia pułkownika, został dowódcą całego 7. Pułku Piechoty Morskiej.
W 2001 roku, jako generał brygady, dowodził 1. Brygadą Ekspedycyjną Piechoty Morskiej podczas operacji „Enduring Freedom” w Afganistanie. Stał także na czele zespołu desantowego Task Force 58. W tej roli dowiódł swojej zdolności do integrowania odmiennych formacji w spójne ugrupowanie bojowe; Task Force 58 między innymi brał udział w zdobyciu Kandaharu.