5 listopada tego samego roku Mattis przekazał I Marine Expeditionary Force pod dowództwo generała broni Samuela Hellanda i cztery dni później zaczął pracę na obu nowych stanowiskach. thumb|Mattis (w środku) podczas ceremonii przekazania stanowiska dowódcy CENTCOM-u ściska dłoń swojego następcy, generała Lloyda Austina, 22 marca 2013 r. W lipcu 2010 roku Robert Gates – służący już w administracji Baracka Obamy – przedstawił Mattisa jako potencjalnego następcę generała Petraeusa na stanowisku dowódcy United States Central Command. Barack Obama nominował Mattisa 21 lipca, a senatorowie zatwierdzili jego kandydaturę 5 sierpnia. Ceremonia przekazania dowództwa odbyła się 11 sierpnia.
Mattis przeszedł w stan spoczynku 22 marca 2013 roku.
W podejmowaniu decyzji Mattis opierał się na przykładach czerpanych z historii, a jego filozofia dowódcza zakładała tworzenie środowiska chaosu, w którym jego żołnierze byli w stanie skutecznie działać, ale przeciwnik – nie. Uchodzi za postać kultową w historii najnowszej Korpusu Piechoty Morskiej i za jednego z najbardziej wpływowych dowódców swojego pokolenia. Jego karierę porównywano z karierą generała Lewisa „Chesty’ego” Pullera. Jako generał cieszył się szacunkiem żołnierzy i uchodził za dowódcę dbającego o swoich podwładnych.