Rozkazem nr 12 z 10 stycznia 1930 roku w sprawie reorganizacji Pomorskiego Inspektoratu Okręgowego komendant Straży Granicznej płk Jan Jur-Gorzechowski ustalił nową organizację komisariatu.
W 1934 roku gdyńskiemu komisariatowi powierzono odcinek granicy morskiej od styku granicy polsko-gdańskiej do ujścia Redy. W styczniu tego roku ustalono jego nową organizację i etat. Kierownik komisariatu do dyspozycji miał dwóch oficerów młodszych oraz 106 szeregowych. Komisariatowi podlegała placówka portowa Gdynia i trzy placówki pierwszej linii: „Mechelinki”, „Obłuże” i „Orłowo”. Istniejące dotąd placówki pierwszej linii „Gdynia” i „Oksywie” zostały zniesione. Placówka portowa organizacyjnie odpowiadała placówce II linii. Zasięgiem obejmowała port handlowy i wojenny, strefę wolnocłową oraz kontrolę nad ruchem kolejowym. Komisariat wyposażony został w łódź motorową, dwa motocykle oraz psa służbowego.