Od 1968 przez sześć lat był prezesem Polskiego Instytutu Naukowego w Kanadzie, od 1970 był członkiem korespondentem, a od 1972 członkiem czynnym zamiejscowym Polskiego Towarzystwa Naukowego na Obczyźnie. Jerzemu Antoniemu Wojciechowskiemu jako pierwszemu w historii Kanadyjskiego Towarzystwa Filozoficznego nadano tytuł członka honorowego. Pełnił funkcję prezesa Kapituły Kanadyjskiego Stowarzyszenia Humanistycznego w Ottawie, członka Międzynarodowego Instytutu Procesów Zaawansowanych w Systemy Naukowe. Był także członkiem Komitetu Wykonawczego i przewodniczącym Komisji Stosunków Międzynarodowych Humanistycznych Badań Naukowych w Council of Canadians. Pod koniec kariery zawodowej otrzymał tytuł profesora emerytowanego oraz doktor honoris causa International Institute for Advanced Studies in Systems Research and Cybernetics Uniwersytetu w Ottawie.
Dorobek naukowy Dorobek naukowy Jerzego Antoniego Wojciechowskiego obejmuje prace z filozofii nauk i teorii poznania, a także filozofii przyrody i zagadnień etnicznych Kanady. Stworzył filozoficzną teorię ekologii wiedzy, której zasady wyjaśnił w książce "Ecology of Knowledge". Jako profesor wizytujący wykładał w ponad sześćdziesięciu uczelniach wyższych na świecie, jest autorem licznych felietonów, prac i publikacji naukowych.