Sezon 2016/17 3. Ligi – 9. edycja rozgrywek niemieckiej 3. Ligi w piłce nożnej.
Rozgrywki toczyły się w jednej grupie i występowało w nich 20 drużyn. Po zakończeniu sezonu mistrz oraz wicemistrz awansowali bezpośrednio do 2. Bundesligi, a 3. drużyna grała w barażu o awans z 16. drużyną 2. Bundesligi. Trzy ostatnie drużyny spadły do Regionalligi.
3. Fußball-Liga Drużyny W 3. Lidze w sezonie 2016/17 występowało 20 drużyn. Drużyna Miasto Sezon 2015/16 Uwagi Drużyny, które spadły z 2. Bundesligi 2015/16: MSV Duisburg Duisburg 16. miejsce przegrał baraże z Würzburger Kickers FSV Frankfurt Frankfurt nad Menem 17. miejsce SC Paderborn 07 Paderborn 18. miejsce Drużyny, które występowały w 3. Lidze 2015/16: 1. FC Magdeburg Magdeburg 4. miejsce VfL Osnabrück Osnabrück 5. miejsce Chemnitzer FC Chemnitz 6. miejsce SG Sonnenhof Großaspach Aspach 7. miejsce Rot-Weiss Erfurt Erfurt 8. miejsce Preußen Münster Münster 9. miejsce Hansa Rostock Rostock 10. miejsce SC Fortuna Köln Kolonia 11. miejsce 1. FSV Mainz 05 II Moguncja 12. miejsce Hallescher FC Halle 13. miejsce Holstein Kiel Kilonia 14. miejsce VfR Aalen Aalen 15. miejsce SV Wehen Wiesbaden Wiesbaden 16. miejsce Werder Brema II Brema 17. miejsce Drużyny, które wygrały mecze barażowe i awansowały z Regionalligi 2015/16: FSV Zwickau Zwickau 1.