Na terenie powiatu znajduje się kilkadziesiąt jezior, z których połowa zlokalizowana jest w polodowcowej rynnie byszewskiej, a kilka na Wysoczyźnie Świeckiej i w Puszczy Bydgoskiej. Największym akwenem jest Zbiornik Koronowski o długości 42 km, który powstał w 1961 roku po spiętrzeniu wód rzeki Brdy zaporą w Pieczyskach. Okalają je rozległe lasy, które na północy łączą się z Borami Tucholskimi. Wokół zbiornika rozmieszczona jest duża część powiatowej bazy turystycznej. W Pieczyskach, Romanowie, Samociążku, Sokole-Kuźnicy, Tuszynach zlokalizowane są całoroczne ośrodki wypoczynku.
Jakość wód jezior mieści się przeważnie w III klasie, a w II klasie – Jezioro Wierzchucińskie Duże oraz wody rzeki Brdy wraz z ciągiem jezior zaporowychhttps://web.archive.org/web/20190309155443/http://www.wios.bydgoszcz.pl/webmapa/wody/pow_bydgoski.html dostęp 2018-04-11..
Ważniejsze jeziora powiatu bydgoskiegohttps://web.archive.org/web/20180406155600/http://www.wios.bydgoszcz.pl/webmapa/wody/spisjezior.html dostęp 2018-04-11.: Nazwa Pow.[ha] Głęb.[m] Objętość[tys. m³] Pow.