W latach 1970–1974 Jan Kozłowski był zatrudniony na Uniwersytecie Śląskim w Katowicach. Kiedy pojawiła się możliwość uzyskania etatu w Krakowie, powrócił do swojej Alma Mater. W roku 1974 dołączył do zespołu Zakładu Ekologii Zwierząt Uniwersytetu Jagiellońskiego kierowanego przez prof. Władysława Grodzińskiego. Od 1981 do 1983 roku przebywał na stypendium podoktorskim na Uniwersytecie w Athens (Georgia, USA), gdzie współpracował z prof. Richardem G. Wiegertem. W 1984 roku przeszedł do Zakładu Hydrobiologii UJ. Po odejściu na emeryturę prof. Anny Czapik w 1995 roku Kozłowski objął stanowisko kierownika Zakładu Hydrobiologii i kierował nim do roku 2007, kiedy to Rada Instytutu Nauk o Środowisku (INoŚ) UJ zwróciła się do JM Rektora UJ prof. Karola Musioła o zmianę struktury administracyjnej Instytutu. Od 1 lipca 2007 Jan Kozłowski kieruje zespołem Ewolucji Strategii Życiowych w INoŚ na Wydziale Biologii i Nauk o Ziemi Uniwersytetu Jagiellońskiego. Jest również kierownikiem Zakładu Ochrony Środowiska w Instytucie Matematyczno-Przyrodniczym Państwowej Wyższej Szkoły Zawodowej w Tarnowie. W latach 1999–2002 był zastępcą Dyrektora INoŚ, a 2002-2008 Dyrektorem INoŚ.