Kozłowski jest autorem lub współautorem kilkudziesięciu publikacji naukowych oraz licznych artykułów popularnonaukowych. Jego publikacja, napisana wspólnie z Markiem Konarzewskim, „Is West, Brown and Enquist’s model of allometric scaling mathematically correct and biologically relevant?” i opublikowana w 2004 została uznana przez Functional Ecology za jedną z dziesięciu najbardziej wpływowych publikacji wydanych przez to czasopismo.
Dorobek naukowy Wykaz publikacji wg Web of Sciences https://www.webofscience.com/wos/author/record/K-5549-2012
Książki, podręczniki akademickie, rozdziały w książkach, monografie Głowaciński Z., Kozłowski J., Weiner J. 1984. Energy and matter flow through bird population. (red.), W. Grodziński, J. Weiner, P. F. Maycock, [w] Forest ecosystems in industrial regions, Ecological Studies 49, Springer Verlag, Berlin, s. 125–131. . Sawicka-Kapusta K., Kozłowski J. 1984. Flow of heavy metals through selected homoterms consumers. (red.), W. Grodziński, J. Weiner, P. F. Maycock, [w] Forest ecosystems in industrial regions, Ecological Studies 49, Springer Verlag, Berlin, s. 139–142. . Górecki A., Kozłowski J., Gębczyński M. 1987. Ćwiczenia z ekologii. Podręcznik dla studentów biologii ogólnej i biologii środowiskowej. Kraków-Białystok, 275. Janczur, M., Kozłowski, J., Laskowski, R. 2000.