Rozgrywki IV i V poziomu (1992–2011) Po rozgrywkach 1991/1992 zespół spadł do klasy okręgowej, zaś w sezonie 1997/1998 zajął 9. miejsce i w związku z reorganizacją rozgrywek drużyna ponownie spadła. W kolejnej odsłonie rozgrywek V poziomu Wisła uplasowała się na szczycie tabeli i znalazła się w IV lidze. W sezonach 1999/2000, 2000/2001 i 2001/2002 zespół zajął dalsze miejsca, a rok później uplasował się na spadkowej, 14. lokacie. W rozgrywkach 2003/2004 drużyna kolejny raz wygrała swoją grupę i po barażach ponownie awansowała do IV ligi. Następny sezon Wisła zakończyła na 15. miejscu, co oznaczało spadek do V ligi. W sezonie 2006/2007 drużyna wygrała swoją grupę i awansowała do IV ligi, w której rok później zajęła 7. miejsce i zanotowała spadek do ligi, która po reorganizacji rozgrywek została nazwana IV ligą. Po rozgrywkach 2008/2009 przeszła ponownie do III ligi. Ponadto w 2009 zdobyła Puchar Polski na szczeblu wojewódzkim.