Kościół Santo Stefano (pol. kościół św. Szczepana/Stefana) – rzymskokatolicki kościół w Genui w dzielnicy Portoria. Jest kościołem parafialnym, należącym do dekanatu Carignano-Foce Archidiecezji Genui.
Zbudowany został na miejscu wcześniejszego kościoła św. Michała, którego częścią była prawdopodobnie krypta, zachowana do dziś. Pomimo poważnych zniszczeń wojennych jest przykładem wykwintnej architektury romańskiej w Genui. Najcenniejszą architektonicznie częścią kościoła jest apsyda.
Zdaniem wielu badaczy w 1451 roku w kościele tym został ochrzczony Krzysztof Kolumb.
Historia Kościół San Michele Według niektórych przekazów kościół w tym miejscu istniał już w okresie longobardzkim. Otoczony konstrukcjami o charakterze militarnym stanowił część systemu obronnego miasta, czego dowodem miałaby być – zdaniem pewnych badaczy – dzwonnica. Ten pierwszy kościół był prawdopodobnie dedykowany św. Michałowi, bardzo czczonemu przez Longobardów. Z okresu longobardzkiego pochodzi prosta i surowa krypta pod ołtarzem kościoła, podobna do tej z sanktuarium Nostra Signora delle Grazie al Molo. Krypta ta, nosząca wezwanie Świętych Michała i Gabriela, była prawdopodobnie kościołem (lub częścią kościoła) św.