Na fasadzie widnieją płaskorzeźbione płytki z herbami szlacheckich rodów Genui, które prawdopodobnie przyczyniły się do budowy kościoła. Fasadę zamyka tympanon z triforium pośrodku, zwieńczony fryzem arkadkowym. Podobne rozwiązanie dekoracyjne prezentuje fasada dobudówki z lewej strony, w której mieści się obecnie zakrystia i lokale mieszkalne.
Apsyda Półkolista apsyda jest najważniejszym elementem architektury kościoła Santo Stefano. Zbudowana została na wysokim cokole, przebitym 3 niewielkimi oknami, oświetlającymi kryptę. Z zewnątrz została udekorowana 7 ślepymi arkadami, których podwójne łuki wspierają się na lizenach oraz na umieszczonych na nich półkolumnach, zwieńczonych wykwintnymi kapitelami, ozdobionymi stylizowanymi liśćmi i niewielkimi wolutami. Ponad arkadami biegnie rząd niewielkich, ślepych arkad, ledwie widocznych na płaszczyźnie ściany. Taki motyw dekoracyjny jest jedynym tego typu rozwiązaniem na terenie Ligurii. Ten sam układ kompozycyjny cechuje wystrój wewnętrzny apsydy.
Z lewej strony przylega do apsydy wysoka kampanila na planie kwadratu, której dwie górne kondygnacje, zbudowane z cegły, przebito poliforiami. Prezbiterium zostało przykryte ośmiokątną kopułą.