W sytuacji gdy zaliczka nie obejmuje całości zapłaty, to po uregulowaniu całości należności, rozliczenia można dokonać na dwa sposoby: Pierwsza to wystawienie ostatniej faktury zaliczkowej, Druga to wystawienie „normalnej” faktury VAT, która będzie uwzględniała wszystkie wpłacone zaliczki.
Należy podkreślić, że jeżeli faktura zaliczkowa nie obejmuje całej wartości transakcji (sprzedaży towarów czy usług), to sprzedawca w momencie jej realizacji zobowiązany jest do wystawienia faktury końcowej (rozliczeniowej).
Sytuacje, kiedy nie można wystawiać faktury zaliczkowej Istnieją sytuacje, w których nie można wystawiać faktur zaliczkowych. Jest to z góry zabronione przez obowiązujące przepisy prawa.
W związku z powyższym faktury zaliczkowej nie można wystawić przy dokumentowaniu zaliczek na poczet: wewnątrzwspólnotowej dostawy towarów, dostaw energii elektrycznej, cieplnej lub chłodniczej oraz gazu przewodowego,
świadczenia usług telekomunikacyjnych i radiokomunikacyjnych,
świadczenia usług związanych z uzdatnianiem i dostarczaniem wody za pośrednictwem sieci wodociągowych (usługi wymienione w poz.