Najważniejszym kierunkiem badawczym Jana Malinowskiego była kartografia hydrogeologiczna. Rozpoczął zajmować się nią jako redaktor Atlasu zasobów zwykłych wód podziemnych i ich wykorzystania w Polsce w skali 1:500 000. Z jego inicjatywy i pod jego redakcją ukazała się w 1991 pierwsza w kraju monografia regionalna wód podziemnych Budowa geologiczna Polski, t. VII – Hydrogeologia. W ostatnich kilku latach życia główną tematyką badawczą Jana Malinowskiego była Mapa hydrogeologiczno-sozologiczna Polski 1 : 50 000, której był redaktorem, a zarazem współautorem instrukcji.
Zajmował się też metodyką badań. Dotyczyły one regionalnych metod badań geologiczno-inżynierskich dla różnych typów budownictwa, sporządzania kompleksowych zdjęć geologiczno-inżynierskich i map przeglądowych. W wyniku tych powstało wiele artykułów i rozpraw, a zwłaszcza 2. wydanie podręcznika geologii inżynierskiej dla technikum geologicznego. Brał również udział w opracowaniu Poradnika służby geologicznej oraz Poradnika hydrogeologicznego.
Jan Malinowski był również autorem lub współautorem wielu podręczników, m.in. Geologii inżynierskiej (1959), Hydrogeologii (1991), Geologii i geotechniki dla inżynierów budownictwa (wspólnie z Zygmuntem Glazerem, 1991).