Rządy Ala ad-Dauli w Heracie nie trwały jednak długo, ponieważ w sytuacji gdy zagrożenie ze strony Sultana Muhammada znikło Babur ponownie zaatakował miasto. Ala ad-Daula wycofał się do Balchu, po czym podjął nieudaną próbę zdobycia Samarkandy, a następnie ponownie Heratu. Tym razem Babur zarządził oślepienie pojmanego brata jednak operacja została przeprowadzona tak nieudolnie że jakiś czas później Ala ad-Daula odzyskał wzrok.
9 stycznia 1452 roku Babur pokonał Sultana Muhammada nieopodal Astarabadu po czym zabił go po wzięciu do niewoli. Wykorzystując nieobecność brata Ala ad-Daula ponownie próbował zagarnąć Herat, gdy zaś ta próba się nie powiodła uciekł do władcy Kara Kojunlu Dżahanszaha (1438–1467). Następnych kilka lat Ala ad-Daula spędził na Stepie Kipczackim i wśród Uzbeków. Tymczasem po śmierci Babura w 1457 roku władzę w Heracie przejął syn Ala ad-Dauli Sultan Ibrahim. Ala ad-Daula przybył do Heratu 22 kwietnia 1458 roku, ku niechęci swojego syna, której ten jednak starał się nie okazywać. Sytuacja Ibrahima w Heracie była podówczas bardzo ciężka, ponieważ został on niedawno pokonany najpierw przez Abu Sa’ida (1451–1469), a potem Dżahanszaha i jego kontrola nad regionem była bardzo wątpliwa.