Is-Simar ma również status specjalnego obszaru ochronnego w ramach programu Natura 2000Sitename Is-Simar Site MT0000006 - Natura 2000 - Standard Data Form - Natura 2000 Management Plan (SAC)].
Flora i fauna Mokradła zapewniają bezpieczne schronienie zarówno dla rezydentów jak i ptaków migrujących. Składa się z mozaiki siedlisk oraz otwartych basenów, szuwarów i drzew, w których mieszkają dzikie zwierzęta. Baseny zamieszkiwane są przez ptaki wodne oraz ryby, m.in. karpieńcokształtne. Znajduje się tu również mały gaj oliwny. Corocznie, w rezerwacie przebywa ponad 120 gatunków ptaków.
Wśród ptaków stale zamieszkujących występują m.in.: różne gatunki wróblowatych, w tym wróbel śródziemnomorski i mazurek; a także chwastówka zwyczajna, perkozek zwyczajny oraz przedstawiciele rodzajów Gallinula i Fulica.
Wśród ptaków osiedlających się w Is-Simar w okresie letnim występują m.in. różne gatunki bekasowatych, w tym biegus krzywodzioby, łęczak, samotnik, brodziec piskliwy, biegus malutki;