Prezbiterium zakończone jest apsydą, którą oddziela od reszty kościoła, wykonana w brązie, balustrada z dwiema ażurowymi bramkami. Uchylne drzwiczki zdobią herby: Krakowa oraz archiprezbiterów kościoła – Klośnik i Prawdzic. Witraże w absydzie pochodzą z lat 1370–1400, a wykonał je mistrz Mikołaj, zwany vitreator de Cracovia. Obejmują one dwa cykle tematyczne: Księgę Genesis według Starego i Nowego Testamentu oraz sceny związane z życiem Jezusa i Marii.
Ołtarz główny
Ołtarz główny dedykowany Marii zdobi wielkie późnogotyckie retabulum wykonane w latach 1477–1489 przez Wita Stwosza, który jest chef d’oeuvre artysty Krakowa i Norymbergi. Liczący ok. 13 × 13 m poliptyk, składa się z głównego korpusu – szafy z pełnoplastycznymi rzeźbami tworzącymi dwie sceny – Zaśnięcie i Wniebowzięcie Panny Marii, dwóch par skrzydeł ruchomych i nieruchomych. Kontynuacją głównego wątku jest umieszczona na zwieńczeniu Koronacja NMP w asyście dwóch głównych patronów Polski – świętych Stanisława i Wojciecha. Na skrzydłach bocznych rozmieszczono płaskorzeźbione przedstawienia tworzące dwa cykle z życia Marii i Jezusa Chrystusa. Podstawę tworzy predella z wątkiem Drzewa Jessego.