W lutym roku 1800, wyruszył z Tulonu konwój pod dowództwem kontradmirała Jeana-Baptiste’a Perrée’a, który był zdecydowany dostarczyć zaopatrzenie do garnizonu. Eskadra okrętów blokady pod dowództwem wiceadmirała lorda Nelsona, na oczach głodujących żołnierzy na Malcie, przechwyciła konwój. W trakcie kilku krótkich starć Perrée zginął, a jego okręt flagowy został zdobyty. W następnym miesiącu francuski okręt liniowy „Guillaume Tell”, obładowany żołnierzami, wypłynął z Valletty do Tulonu, lecz również został przechwycony, i po zaciętej bitwie zmuszony do poddania się brytyjskiej eskadrze. Klęski te uświadomiły Francuzom niemożność utrzymania pozycji w Valletcie, a jej poddanie nieuniknionym. Jakkolwiek Vaubois utrzymał się przez następne 5 miesięcy, w końcu skapitulował 4 września. Do tego czasu, śmiertelność z niedożywienia i tyfusu osiągnęła w garnizonie liczbę 100 ludzi dziennie. Malta przypadła Wielkiej Brytanii, a kontrola nad wyspą była przyczyną wybuchu wojen napoleońskich w roku 1803. Ostatecznie pozostała pod zarządem brytyjskim przez 164 lata, do roku 1964, kiedy uzyskała niepodległość.
Francuska inwazja na Maltę