W 1780 roku Ludwika z Mniszchów Potocka ufundowała przy kościele klasztor ks. Wincentynów (Misjonarzy), którym także powierzono prowadzenie parafii oraz opiekę nad starym kościołem św. Jana Chrzciciela. W 1785 r. cesarz Józef II swoim dekretem skasował klasztor. Następnie budynek klasztorny został wykorzystany jako dom dla ubogich.
16 czerwca 1799 kościół został uszkodzony przez burzę. W roku 1859 świątynia została uszkodzona przez pożar.
22 ornaty fundacji Ludwiki Potockiej zapewne były wykonane w pracowni w Krasiczynie.
Zdaniem Zbigniewa Hornunga, Marcin Twardowski, znany jako „snycerz mikuliniecki”, wykonał rzeźby ołtarzowe w kościele. Także Hornung nazywał rzeźby „nieudolnymi”. Jan K. Ostrowski uważa, iż brak materiału porównawczego nie pozwala weryfikować atrybucję Hornunga, choć ta hipoteza jest bardzo prawdopodobną. Także Jan K. Ostrowski twierdzi, że rzeźby ołtarzowe w kościele reprezentują poziom przeciętnyJan K. Ostrowski, Kościół p.w. Św. Trójcy i klasztor Misjonarzy w Mikulińcach, t. 4, s. 62—63..
Po II wojnie światowej opuszczony kościół stopniowo niszczał.