Sezon 2016/2017 Pucharu Świata Juniorów w saneczkarstwie na torach naturalnych – 3. sezon w historii Pucharu Świata Juniorów w saneczkarstwie na torach naturalnych rozpoczął się 29 grudnia 2016 roku w austriackiej miejscowości Winterleiten w gminie Obdach. Ostatnie zawody z tego cyklu zostały rozegrane 22 stycznia 2017 roku na torze w niemieckim mieście Unterammergau. Rozegrane zostały cztery konkursy w czterech miastach.
Podczas sezonu 2016/2017 odbyła się jedna ważna impreza w randze juniorów. To Mistrzostwa Europy Juniorów, które zostały rozegrane na torze, w austriackim Umhausen.
W klasyfikacji kobiet zwyciężyła Włoszka Daniela Mittermair, u mężczyzn wygrał Austriak Fabian Achenrainer, a najlepsi w dwójkach okazali się Austriacy Fabian Achenrainer i Miguel Brugger.
Kalendarz zawodów Pucharu Świata Lp.DataMiejscowośćKonkurencja1 miejsce2 miejsce3 miejsce1. PŚ29–30 grudnia 2016 Obdach-WinterleitenJedynki kobiet Daniela Mittermair Theresa Maurer Camilla SingerJedynki mężczyzn Fabian Achenrainer Florian Markt Jack LeslieDwójki mężczyzn2. PŚ4–5 stycznia 2017 LatzfonsJedynki kobiet Alexandra Pfattner Daniela Mittermair Nadine StafflerJedynki mężczyzn Florian Markt Jack Leslie Philip HaselriederDwójki mężczyzn3.