Prezbiterium węższe od nawy.
Wnętrze i wyposażenie
right|thumb|240px|Wnętrze katedry right|thumb|240px|Sarkofag ze szczątkami błogosławionego Pawła Piotra GojdičaWe wnętrzu świątyni przyciągają uwagę rokokowe freski na stropie nawy, w tym 4 sceny z życia św. Jana Chrzciciela, dzieło nieznanego malarza koszyckiego z 1757 r. Wystrój prezbiterium oraz niedokończone malowidła nad wejściami do bocznych kaplic z 1881 r. są dziełem Ignacego Roškoviča (1854-1915).
Uwagę zwraca również utrzymany w barwach białej i złotej ikonostas z pierwszej połowy XIX w., którego autorami są snycerz Juraj Román i malarz Albert Fikos z Wiednia. Autorami obrazów w ikonostasie są miejscowi artyści, związani z tutejszym biskupstwem: Jozef Miklossy (1791-1841) i Michal Mankovics (1785-1853).
Zachowana ambona pochodzi z XVIII w. Zarówno wymalowania na niej jak i znajdujący się obok obraz, przedstawiający spotkanie starca Symeona z Synem Bożym, są dziełami Mikuláša Jordána.