Po zwycięskiej bitwie został powitany na Malcie jak bohater. Później zajął się, z sukcesem, odzyskaniem terenów podmokłych w Bormla oraz wzmocnieniem floty Zakonu.
Rządy left|thumb|200px|Brązowe popiersie Carafy nad wejściem do Zajazdu Włoskiego W dniu 2 maja 1680 roku, po śmierci Nicolasa Cotonera, Gregorio Carafa został wybrany Wielkim Mistrzem Zakonu. Jeszcze w tym samym roku pokrył koszty odrestaurowania Zajazdu Włoskiego. Jego fasada została przebudowana w stylu barokowym, a brązowe popiersie Carafy umieszczone zostało w widocznym miejscu ponad frontowym wejściem do budynku. Obok popiersia wyrzeźbiony został też osobisty herb Carafy.
thumb|150px|Płyta na Forcie Saint Angelo, zawierająca odniesienie do Carafy Od roku 1681 Carafa, kontynuując prace swojego poprzednika, poświęcił się ukończeniu budowy fortyfikacji Floriany i Cottonera Lines. Kontynuował umacnianie i przebudowę Fortu Saint Angelo, dodając cztery baterie u jego podnóża. Prace te nadzorował naczelny inżynier króla Hiszpanii, pułkownik Don Carlos de Grunenbergh. Upamiętnia to płyta z nazwiskiem Carafy, umieszczona ponad głównym wejściem do fortu, z tarczą herbową architekta poniżej.