W 1913 roku okręt brał udział w międzynarodowym proteście na Morzu Jońskim przeciwko wojnom bałkańskim. Inne kraje reprezentowały m.in. brytyjski przeddrednot , włoski przeddrednot , francuski krążownik pancerny i niemiecki krążownik lekki SMS „Breslau”. Najważniejszą akcją mieszanej floty, pod dowództwem brytyjskiego admirała Cecila Burneya, była blokada czarnogórskiego wybrzeża. Celem blokady było uniemożliwienie serbskim posiłkom wsparcia oblężenia Szkodry, podczas którego wojska czarnogórskie oblegały połączone siły albańskie i osmańskie. Pod presją międzynarodowej blokady, Serbia wycofała swoje wojska ze Szkodry, która została zajęta przez wojsko lądowe sprzymierzonych.
19 marca 1913 roku trzy pancerniki typu Radetzky wypłynęły z Puli, a dwa dni później zawinęły w Meljine u wejścia do Zatoki Kotorskiej. W związku z międzynarodową blokadą morską wybrzeża Czarnogóry, 2 kwietnia pancerniki przybyły pod Antivari, aby następnego dnia przemieścić się pod ujście granicznej rzeki Bojana, gdzie czekał na nie międzynarodowy zespół okrętów. 4 kwietnia „Erzherzog Franz Ferdinand” opuścił Meljine i od 16 do 22 kwietnia stacjonował w San Giovanni di Medua. Dzień później wszedł i wyszedł z Teodo i od tego samego dnia ponownie stacjonował w San Giovanni di Medua, do 12 maja.