10 września został przydzielony do 2 Eszelonu Szefostwa Komunikacji Naczelnego Wodza w charakterze oficera do specjalnych zleceń. W nocy z 17 na 18 września w Kutach przekroczył granicę z Rumunią. W lutym 1940 w Brezoi sporządził opracowanie „Organizacja szkolenia pracowników PKP”. Do 1945 roku internowany w Rumunii. W kwietniu 1940 przebywał w Călimănești.
Jarosław Patoczka był dwa razy żonaty. Jego pierwszą żoną była Janina z domu Robak (1899-1954), z którą miał córkę Alicję lub Alinę (ur. 1921). Jego drugą małżonką była Maria z domu Wasiukiewicz (1912-1957).
Zmarł 5 września 1963. Został pochowany w grobie rodzinnym na cmentarzu Rakowickim w Krakowie (kwatera Pas 36-płn-po prawej Majów)Wirtualny memoriał mjra Patoczki z linkami do memoriałów jego braci i rodziców, zob.: .