Podczas pandemii COVID-19 żołnierze WOT wspierali podmioty odpowiedzialne za bezpieczeństwo publiczne i ochronę zdrowia. 16 marca 2020 minister obrony narodowej wydał decyzję dotyczącą wsparcia przez Siły Zbrojne RP działań związanych z zapobieganiem rozprzestrzenianiu się wirusa SARS-CoV-2, a 18 marca WOT rozpoczęły operację przeciwkryzysową „Odporna Wiosna”. Jej celem było ograniczanie skutków kryzysu epidemicznego oraz wzmacnianie odporności społeczności lokalnych. Działania obejmowały m.in. wsparcie szpitali i służb sanitarnych, Policji, Straży Granicznej, samorządów, organizacji pomocowych, Agencji Rezerw Materiałowych oraz Urzędu Lotnictwa Cywilnego.
23 czerwca 2020 operacja „Odporna Wiosna” została przekształcona w operację „Trwała Odporność”, skoncentrowaną przede wszystkim na wsparciu opieki medycznej, służb sanitarnych, wojewodów i samorządów oraz na działaniach związanych z ogniskami zakażeń. Działania przeciwepidemiczne zawieszono 13 marca 2022. Według raportu w działaniach od 6 marca 2020 do 13 marca 2022 uczestniczyło prawie 40 tys. osób, w tym żołnierze zawodowi, żołnierze OT, pracownicy resortu obrony narodowej i podchorążowie, a w szczytowym okresie każdego dnia zaangażowanych było do 5,6 tys. żołnierzy. Do zadań należały m.in.