Struktura organizacyjna i uzbrojenie Morska Jednostka Rakietowa składa się z:
dowództwo sztab 1 dywizjon ogniowy 2 dywizjon ogniowy dywizjon zabezpieczenia.
Moduł bojowy każdego dywizjonu MJR składa się ze:
stanowiska dowodzenia (wozu dowodzenia dowódcy dywizjonu) dwóch grup bojowych (po trzy wyrzutnie samobieżne) plutonu przeciwlotniczego grupy ewakuacji medycznej plutonu logistycznego
Zasadnicze uzbrojenie stanowią pociski przeciwokrętowe NSM.
W skład każdego dywizjonu wchodzi:
1 wóz dowodzenia dywizjonu (SCV) 2 wozy dowodzenia baterii (BCV) 3 ruchome węzły łączności (MCC) 1 stacja radiolokacyjna (MRV) TRS-15C Odra-C 6 wozów kierowania (CCV) 6 samobieżnych wyrzutni pocisków (MLV) 2 pojazdy do przewozu rakiet (TLV) 1 warsztat ruchomy.
Każda samobieżna wyrzutnia pocisków (MLV) posiada miejsce dla czterech kontenerów z rakietami NSM.
Obronę przeciwlotniczą stanowi:
wóz dowodzenia baterii WD-2001 Rega-1 stacja radiolokacyjna średniego zasięgu N-22-N(3D) 23 mm armaty ciągnione ZU-23-2 przenośne przeciwlotnicze zestawy rakietowe Grom
Symbolika i tradycje Decyzją Nr 114/MON z dnia 22 kwietnia 2016 w jednostce wprowadzono oznakę rozpoznawczą w dwóch wersjach: na mundur wyjściowy i mundur polowy, oraz proporczyk na beret żołnierzy Morskiej jednostki Rakietowej.