Wnętrze ciekawe architektonicznie. W nawie i prezbiterium uskokowe kopuły namiotowe. Kopułę nawy wzmacniają dwa ściągi krzyżowe. Na jednym z nich dźwigniowa konstrukcja żyrandola, pozwalająca opuszczać go w dół, celem zapalenia świec. Nad babińcem drugie pomieszczenie, otwarte do nawy. Brak okien w babińcu. W nawie chór muzyczny wsparty jedynie na przedłużonych belkach stropowych babińca. Czterorzędowy ikonostas powstał w 1766. Jego cechą charakterystyczną jest dominacja odcieni błękitu i różu, a także liczne złocone zdobienia, tak zwane rocaille. W pierwszym rzędzie znajdują się dwuskrzydłowe carskie wrota i sześć medalionów z czterema ewangelistami i dwoma Zwiastowania oraz ikona Trzech Hierarchów: Bazylego Wielkiego, Grzegorza Teologa i Jana Złotoustego, patronów świątyni. Na szczycie ołtarza kalwaria z ukrzyżowanym Chrystusem z XVII.
W Muzeum w Bardejowie znajduje się także pochodząca z cerkwi cenna ikona Sąd Ostateczny, malowana na płótnie w latach 1660–80, z przedstawieniem potępionych grzeszników w skład, których wchodzą: Żydzi, Turcy, Tatarzy, Niemcy, kalwini, luteranie, Węgrzy i Lachy (Polacy). Natomiast ikona Ukrzyżowania z XVI w. prezentowana jest w Słowackiej Galerii Narodowej w Bratysławie.