Kolonia francuska Passot objął władzę w nowej kolonii 18 czerwca 1843 roku. Początkowo wyspa podlegała gubernatorowi Reunionu, jednakże stan ten szybko uległ zmianie, albowiem od 29 września 1843 roku kolonia zaczęła administracyjnie podlegać Nosy Be. Sytuacja uległa odwróceniu 10 listopada 1844 roku, kiedy to Nosy Be stała się podległa Majotcie. W 1877 roku system ten został uznany za niepraktyczny, zaś zarządzanie wyspami rozdzielono. Pod koniec XIX w. pozostałe trzy wyspy Komorów stały się francuskimi protektoratami i wspólnie z Majottą na krótko trafiły pod zarząd gubernatora Reunionu. W 1897 roku Komory otrzymały własną administrację kolonialną podległą bezpośrednio Paryżowi i cieszącą się pewną autonomią, z siedzibą gubernatora w Dzaoudzi na Majotcie. W 1908 roku system ten został całkowicie zniesiony, a wszystkie wyspy na równi podporządkowane zostały pod madagaskarską prowincję Antananarywa, z miejscowym administratorem w Dzaoudzi. W 1912 roku sułtanaty zostały zlikwidowane, a Komory znalazły się pod bezpośrednią kontrolą Francji. Administracyjna zależność od Madagaskaru rodziła liczne problemy, w związku z czym w 1925 roku władza kolonialna w znacznej mierze powróciła na Majottę.