Warunki na Grande-Terre (obfite opady przeplatane suszami, erozja gleby, a także malaria), na której zlokalizowana była większość plantacji, nie sprzyjały uprawie trzciny cukrowej, a budowa i utrzymanie fabryk wymagały znacznego nakładu pracy. Cukier z Majotty, produkowany w relatywnie niewielkich ilościach, nie był konkurencyjny na rynku światowym. Otwarcie Kanału Sueskiego w 1869 roku sprawiło, że od Komorów odsunęły się najważniejsze szlaki handlowe regionu. W konsekwencji na przełomie XIX i XX w. doszło do upadku cukrownictwa na wyspie, plantacje i fabryki zostały w większości opuszczone, a ich pracownicy częściowo wtopili się w społeczności wyspy. Rolę przemysłu cukrowniczego w pewnym stopniu przejęła uprawa ylang-ylang. Pod koniec XIX w. populacja wyspy zaczęła się powiększać. Cenzus z 1870 roku wykazał jeszcze 3 300 mieszkańców, tyle samo co w 1843. W 1906 roku liczba ta wzrosła do 11 731, a w 1935 – 15 801.
Kolonizacja wyspy i przybycie plantatorów nie zmieniły istotnie życia rdzennych mieszkańców Majotty. Ludność majotyjska prowadziła gospodarkę samozaopatrzeniową opartą na rybołówstwie i rolnictwie ekstensywnym.