Ostatecznie zniszczyły ją trzęsienia ziemi w 551 i 552 roku.
Ruiny olimpiejonu to współcześnie część stanowiska archeologicznego w Olimpii, które w 1989 roku zostało wpisane na listę światowego dziedzictwa UNESCO.
Architektura Według greckiego geografa Pauzaniasza (100/110–180 n.e.), który odwiedził Olimpię ok. 160 roku, architektem świątyni był Libon z Elidy. Gmach został zbudowany w stylu doryckim, orientowany na osi wschód-zachód. Na krepidomie postawiono 6 kolumn z przodu i z tyłu, 13 po bokach. Kolumny były z wapienia pokryte białym stiukiem, miały ponad 10 m wysokości, a ich średnica przy bazie wynosiła 2,25 m. Świątynia miała 20 m wysokości, jej dach zdobiły liczne ozdobne akroteria autorstwa Pajoniosa z Mende.
Świątynia miała trzy pomieszczenia: pronaos, cellę i opistodomos, przy czym pronaos i opistodomos były zakończone antami. Na podłodze pronaosu zachowały się pozostałości późniejszej barwnej mozaiki z otoczaków z przedstawieniami Trytona. Przed pronaosem znajdowało się miejsce wyłożone sześciokątnymi płytami z marmuru, gdzie zwycięzcom igrzysk wkładano na głowy wieńce laurowe.